Assassin's Creed'in konusu da bir hayli ilginç ve bir o kadar da derin. Hristiyan dünyası, Kudüs gibi kutsal bir şehri ele geçirmek ve Selahattin Eyyubi komutasındaki Müslüman ordusunu dize getirmek için 3. Haçlı ordusunu oluşturdu. Hıristiyan Devletlerinden askerlerin katıldığı bu çok uluslu güç, geçtiği yerlerde birçok katliamlara imza atar. O dönemlerde varlığı bilinen bir tarikat vardır. Hassan Sabah liderliğindeki bu tarikat genelde, müritlerini haşhaş (Afyon) uyuşturup zor görevleri yaptırmaktadır. Hasan Sabah taraftarlarının oluşturduğu tarikat haşhaş içtikleri için “Haşhaşin Tarikatı” olarak da biliniyor. Bu Haşhaşin Tarikatı, Avrupa dillerinde bazı değişikliklere uğrayıp “Assassin” şekline dönüşüyor. Oyunun ismi de buradan geliyor, yani Assassin's Creed. Haçlı ordusu Kudüs'e gelince, Suriye'deki bir kaleyi üs edinen bu tarikat çözüm için kolları sıvar. İçlerindeki en cesur ve en deneyimli savaşçısını Akka şehrine gönderir...